从2007年开始，省财政设立扶持畜禽良种繁育体系建设资金，并以2007年2000万元资金为基数，每年适度增加。2012年省政府下发的《吉林省人民政府关于实施现代畜牧业四年提升计划的意见》（吉政发〔2012〕12号）明确提出，“继续加大对畜禽良种繁育体系建设的投入”。2014年省政府下发的《吉林省人民政府关于印发吉林省“放心肉”工程实施方案的通知》（吉政发〔2012〕12号）明确提出，“大力发展现代畜禽种业”。良种是畜牧业发展的基础，是公益性事业，扶持畜禽良种繁育体系建设是政府部门的职责，是实现省委、省政府确定的实现畜牧业现代化目标的重要保障。
1.生猪。包括原种猪场建设补贴、扩繁场建设补贴、现代化种猪场建设补贴、生猪遗传改良计划补贴、品种培育补贴。
2.肉牛。包括优质肉牛胚胎引进补贴、优质肉牛冻精补贴、品种培育与扩繁补贴、畜牧繁改设备更新补贴、种公牛后裔测定补贴、肉牛核心育种场建设补贴。
3.羊。支持西部肉羊饲养集中区开展肉用新品系的培育进度，提高养殖效益。
4.禽。包括祖代肉种鸡引进补贴、依托吉林省农业科学研究院开展吉林芦花鸡选育提高，扩大核心群数量，达到畜禽品种的要求。
5.兔。加快肉兔原种场建设，支持从国外引进优质原种兔，提高供种能力，满足全省肉兔产业快速发展的需求。
6.蜂。继续支持适合我省发展的高产优质品种、品系的培育，增强供种能力，提高产蜜性能，促进蜂产业健康发展。
7.种畜禽检测。按照农业部《关于加强种畜禽生产经营管理的意见》要求，重点开展种畜精液质量检测和后裔测定工作，建立健全种畜禽系谱档案。
1.原种猪场建设。继续支持有条件的原种猪场建设，补贴资金用于原种猪场从国外引进优良原种猪。申报项目的单位必须是取得省级以上《种畜禽生产经营许可证》的原种猪场，猪舍面积10000m2以上（其中用于原种猪引进的猪舍面积3000m2以上），纯种能繁母猪存栏量超过500头以上，具有资料档案室、疫病诊断室，技术资料完整，防疫条件符合防疫规定。
2.现代化种猪场建设。优先支持建设一批现代化种猪场。申报项目为2012年以来累计投资超过1亿元以上新建的企业，猪舍建筑面积超过20000m2，种猪超过1500头，全部采取自动给料、自动通风设施。申请补助资金不超过100万元。
3. 扩繁场建设。支持辐射带动能力强的种猪场扩能升级，提高种猪生产性能和设施化水平。申报项目单位需同时具备以下4项条件：取得市级以上《种畜禽生产经营许可证》的种猪场；猪场占地面积超过1.5万平方米（以土地使用证或合同或协议为准）；有自动给料和自动通风设施；能繁母猪产床超过125个，验收时产床在产母猪80头以上。申请补助资金不超过50万元。每个市县只能申报1个项目。
4.生猪遗传改良计划项目。深入实施吉林省生猪遗传改良计划，通过开展性能测定、遗传评估和遗传物质交流，逐步开展纯种猪的持续选育，不断提高全省种猪供种能力和供种质量。补贴资金用于性能测定、遗传评估、种猪登记及专家技术服务补贴。此项目不需申报。
5.品种培育。支持东辽黑猪选育提高，支持精气神山黑猪、金吉黑猪新品种的培育和巴松配套系新品系的培育，打造地方优质特色猪新品种、新品系。申报项目单位必须以省级以上科研单位为技术依托，成立职责明确的专家组，具有科学详细的育种计划、技术路线和阶段性目标，有与项目建设相配套的资金。申请补助资金不超过50万元。
1.优质肉牛冻精补贴。重点对肉牛生产大县的基础母牛规模饲养户使用优质肉牛冻精实施补贴，此项目不需要申报。
2.品种培育与扩繁。支持长白山黑牛和草原红牛新品种的培育，满足我省高档牛肉生产对种源的需求。申报项目单位必须依托省级科研机构，成立职责明确的专家组，具有科学详细的育种计划、技术路线和阶段性目标，有与项目建设相配套的资金。申请补助资金不超过50万元。
3.畜牧繁改设备更新。为缓解全省市、县液氮罐陈旧影响畜牧繁改工作的难题，对全省各市、县繁改单位液氮罐进行更新,推动标准化人工授精站点建设。此项目不需要申报。
4.种公牛后裔测定。支持有条件的种公牛站开展种公牛后裔测定工作，提高种公牛选育水平和供精质量，提高自主培育种公牛能力，减少从国外引种。申报项目单位必须取得农业部颁发的《种畜禽生产经营许可证》，具有科学合理的测定方案、技术路线和阶段性目标，有与项目建设相配套的资金。申请补助资金不超过50万元。
5．肉牛核心育种场建设。支持国家级肉牛核心育种场建设，提高核心育种群质量，补贴资金用于核心育种群选育提高。申报项目单位必须取得省级以上《种畜禽生产经营许可证》且通过国家评审的国家级肉牛核心育种场。申请补助资金不超过50万元。
支持西部肉羊饲养集中区开展肉用新品系的培育进度，提高养殖效益。申报项目单位必须是取得省级以上《种畜禽生产经营许可证》和国家级《畜禽养殖标准化示范场》的种羊场，具有品种培育的前期基础，以省级以上科研单位为技术依托，成立职责明确的专家组，具有科学详细的育种计划、技术路线和阶段性目标，有与项目建设相配套的资金。申请补助资金不超过50万元。
1.祖代肉种鸡引进补贴。支持祖代肉种鸡场从国外引进祖代肉种鸡，增加供种能力，补贴资金用于祖代肉种鸡引种补贴。申报项目的单位必须是取得省级以上《种畜禽生产经营许可证》的祖代肉种鸡场，存栏从国外引进的祖代肉种鸡1万套以上。
2.品种培育。依托吉林省农业科学研究院开展吉林芦花鸡选育提高，扩大核心群数量，达到畜禽品种审定的要求。申报项目单位必须成立职责明确的专家组，具有科学详细的育种计划、技术路线和阶段性目标，有与项目建设相配套的资金。申请补助资金不超过50万元。
加快肉兔原种场建设，支持从国外引进优质原种兔，提高供种能力，满足全省肉兔产业快速发展的需求。申报项目的单位必须是取得省级以上《种畜禽生产经营许可证》的祖代种兔场，现有从国外引进的祖代种兔3000只以上。
支持适合我省发展的高产优质品种、品系的培育，增强供种能力，提高产蜜性能，促进蜂产业健康发展。申报项目单位必须是取得省级以上《种畜禽生产经营许可证》的科研单位，科研力量雄厚，成立职责明确的专家组，具有科学详细的育种计划、技术路线和阶段性目标，有与项目建设相配套的资金。申请补助资金不超过50万元。
按照农业部《关于加强种畜禽生产经营管理的意见》要求，重点开展种畜精液质量检测和后裔测定工作，建立健全种畜禽系谱档案。
（一）引种补贴项目。从国外引进原种猪、祖代肉种鸡和祖代肉种兔项目，采取先引进、后补贴的方式，由项目申报单位向省里提出申请备案，年底前完成引种工作，省里根据申报单位提供的合同（包括与国外供种公司的合同和与代理公司的合同）、出入境检疫证明、入境报关单等凭证，经审核后，省级财政给予补贴。原则上，原种猪引进按照实际引种资金的50%给予补贴，每个原种场补贴额度最多不超过150万元；祖代肉种鸡引进按照实际引种资金的25%给予补贴，每个祖代肉种鸡场补贴额度最多不超过50万元；祖代肉种兔引进按照实际引进资金的50%给予补贴，每个祖代肉种兔场补贴额度最多不超过100万元。12月底之前完成引种的，当年给予补贴，12月底之后完成引种的，结转下一年度给予补贴。
（二）品种培育项目。品种培育项目由省畜牧业管理局和省财政厅组织专家评审，明确技术路线、资金用途、阶段目标和完成期限，项目单位按照评审后确定的内容组织实施，由省畜牧业管理局组织项目中期和终期验收。
（三）生猪遗传改良计划项目。按照《吉林省生猪遗传改良计划实施方案》，由省畜牧业管理局组织开展性能测定、遗传评估和遗传物质交流等各项工作。
（四）优质肉牛冻精补贴项目。优质肉牛冻精补贴项目由省畜牧业管理局和省财政厅根据各县、市基础母牛数量和遗传改良进程情况确定项目补贴县和补贴数量。由省畜牧业管理局成立由规划财务、纪检参加的肉牛冻精采购领导小组，由省畜牧总站具体负责组织肉牛冻精采购和项目运行的督导检查，由项目县畜牧部门组织冻精的发放，建立健全各项档案以备查验，并将项目实施情况按季度报送省畜牧总站。
（五）畜牧繁改设备更新项目。液氮灌由省畜牧业管理局成立由规划财务、纪检参加的采购领导小组进行采购，省畜牧总站对液氮灌实行统一发放。
（六）种公牛后裔测定项目。省畜牧业管理局和省财政厅组织专家评审，明确测定方案、资金用途、阶段目标和完成期限，项目单位按照评审后确定的内容组织实施，由省畜牧业管理局组织项目验收。
（七）肉牛核心育种场建设项目。省畜牧业管理局和省财政厅组织专家评审，明确选育方案、资金用途、阶段目标和完成期限，项目单位按照评审后确定的内容组织实施，由省畜牧业管理局组织项目验收。
（八）种畜禽检测项目。种畜禽监管和检测项目由省畜牧业管理局制定项目实施方案，按照方案规定的内容，重点开展种猪质量检测、肉牛和肉羊后裔测定、肉牛和种公猪精液质量检测，确保全省畜禽良种繁育体系建设顺利进行。
1.畜禽品种引进项目。原种猪、祖代肉种鸡、祖代肉种兔引进项目，由项目所在地畜牧业管理局、财政局进行初审，以正式文件联合上报省畜牧业管理局和省财政厅，申报材料包括畜禽品种引进项目申报书、《种畜禽生产经营许可证》、《动物防疫条件合格证》、工商营业执照复印件。
2.现代化种猪场建设项目。由项目所在地畜牧业管理局、财政局进行初审，以正式文件联合上报省畜牧业管理局和省财政厅，申报材料包括现代化种猪建设项目申报书、种猪引进证明（引种证明或产地检疫证明）、工商营业执照、土地使用证（或合同、协议）、自动给料和自动通风设施购买发票等复印件。
3.生猪扩繁场建设项目。由项目所畜牧业管理局、财政局进行初审，以正式文件联合上报省畜牧业管理局和省财政厅，申报材料包括生猪扩繁场项目申报书、《种畜禽生产经营许可证》、《动物防疫条件合格证》、工商营业执照、土地使用证（或合同、协议）、自动给料和自动通风设施购买发票等复印件。2012年以来已扶持过的单位不再扶持。
4.畜禽品种培育项目，由项目所在地畜牧业管理局和财政局进行初审，以正式文件联合上报省畜牧业管理局和省财政厅；省直科研单位、大专院校申报品种培育与扩繁项目，由各项目单位以正式文件向省畜牧业管理局和省财政厅申报。申报材料包括畜禽品种培育项目申报书、项目实施方案（按照可行性报告模式）、经费预算、《种畜禽生产经营许可证》复印件等相关材料，省里支持的培育项目还需提交项目总结报告。各项目单位单一品种培育项目只能申报1个。
5. 种公牛后裔测定项目。由项目所在地畜牧业管理局、财政局进行初审，以正式文件联合上报省畜牧业管理局和省财政厅，申报材料包括种公牛后裔测定项目申报书、农业部颁发的《种畜禽生产经营许可证》复印件、项目实施方案（按照可行性报告模式）以及《种畜禽生产经营许可证》、《动物防疫条件合格证》、工商营业执照复印件。
6.肉牛核心育种场建设项目。由项目所在地畜牧业管理局、财政局进行初审，以正式文件联合上报省畜牧业管理局和省财政厅，申报材料包括肉牛核心育种场建设项目申报书、国家级肉牛核心育种场认定文件、项目实施方案（按照可行性报告模式）以及《种畜禽生产经营许可证》、《动物防疫条件合格证》、工商营业执照复印件。
从2007年开始，省财政设立扶持畜禽良种繁育体系建设资金，并以2007年2000万元资金为基数，每年适度增加。2012年省政府下发的《吉林省人民政府关于实施现代畜牧业四年提升计划的意见》（吉政发〔2012〕12号）明确提出，“继续加大对畜禽良种繁育体系建设的投入”。2014年省政府下发的《吉林省人民政府关于印发吉林省“放心肉”工程实施方案的通知》（吉政发〔2012〕12号）明确提出，“大力发展现代畜禽种业”。良种是畜牧业发展的基础，是公益性事业，扶持畜禽良种繁育体系建设是政府部门的职责，是实现省委、省政府确定的实现畜牧业现代化目标的重要保障。
1.生猪。包括原种猪场建设补贴、扩繁场建设补贴、现代化种猪场建设补贴、生猪遗传改良计划补贴、品种培育补贴。
2.肉牛。包括优质肉牛胚胎引进补贴、优质肉牛冻精补贴、品种培育与扩繁补贴、畜牧繁改设备更新补贴、种公牛后裔测定补贴、肉牛核心育种场建设补贴。
3.羊。支持西部肉羊饲养集中区开展肉用新品系的培育进度，提高养殖效益。
4.禽。包括祖代肉种鸡引进补贴、依托吉林省农业科学研究院开展吉林芦花鸡选育提高，扩大核心群数量，达到畜禽品种的要求。
5.兔。加快肉兔原种场建设，支持从国外引进优质原种兔，提高供种能力，满足全省肉兔产业快速发展的需求。
6.蜂。继续支持适合我省发展的高产优质品种、品系的培育，增强供种能力，提高产蜜性能，促进蜂产业健康发展。
7.种畜禽检测。按照农业部《关于加强种畜禽生产经营管理的意见》要求，重点开展种畜精液质量检测和后裔测定工作，建立健全种畜禽系谱档案。
1.原种猪场建设。继续支持有条件的原种猪场建设，补贴资金用于原种猪场从国外引进优良原种猪。申报项目的单位必须是取得省级以上《种畜禽生产经营许可证》的原种猪场，猪舍面积10000m2以上（其中用于原种猪引进的猪舍面积3000m2以上），纯种能繁母猪存栏量超过500头以上，具有资料档案室、疫病诊断室，技术资料完整，防疫条件符合防疫规定。
2.现代化种猪场建设。优先支持建设一批现代化种猪场。申报项目为2012年以来累计投资超过1亿元以上新建的企业，猪舍建筑面积超过20000m2，种猪超过1500头，全部采取自动给料、自动通风设施。申请补助资金不超过100万元。
3. 扩繁场建设。支持辐射带动能力强的种猪场扩能升级，提高种猪生产性能和设施化水平。申报项目单位需同时具备以下4项条件：取得市级以上《种畜禽生产经营许可证》的种猪场；猪场占地面积超过1.5万平方米（以土地使用证或合同或协议为准）；有自动给料和自动通风设施；能繁母猪产床超过125个，验收时产床在产母猪80头以上。申请补助资金不超过50万元。每个市县只能申报1个项目。
4.生猪遗传改良计划项目。深入实施吉林省生猪遗传改良计划，通过开展性能测定、遗传评估和遗传物质交流，逐步开展纯种猪的持续选育，不断提高全省种猪供种能力和供种质量。补贴资金用于性能测定、遗传评估、种猪登记及专家技术服务补贴。此项目不需申报。
5.品种培育。支持东辽黑猪选育提高，支持精气神山黑猪、金吉黑猪新品种的培育和巴松配套系新品系的培育，打造地方优质特色猪新品种、新品系。申报项目单位必须以省级以上科研单位为技术依托，成立职责明确的专家组，具有科学详细的育种计划、技术路线和阶段性目标，有与项目建设相配套的资金。申请补助资金不超过50万元。
1.优质肉牛冻精补贴。重点对肉牛生产大县的基础母牛规模饲养户使用优质肉牛冻精实施补贴，此项目不需要申报。
2.品种培育与扩繁。支持长白山黑牛和草原红牛新品种的培育，满足我省高档牛肉生产对种源的需求。申报项目单位必须依托省级科研机构，成立职责明确的专家组，具有科学详细的育种计划、技术路线和阶段性目标，有与项目建设相配套的资金。申请补助资金不超过50万元。
3.畜牧繁改设备更新。为缓解全省市、县液氮罐陈旧影响畜牧繁改工作的难题，对全省各市、县繁改单位液氮罐进行更新,推动标准化人工授精站点建设。此项目不需要申报。
4.种公牛后裔测定。支持有条件的种公牛站开展种公牛后裔测定工作，提高种公牛选育水平和供精质量，提高自主培育种公牛能力，减少从国外引种。申报项目单位必须取得农业部颁发的《种畜禽生产经营许可证》，具有科学合理的测定方案、技术路线和阶段性目标，有与项目建设相配套的资金。申请补助资金不超过50万元。
5．肉牛核心育种场建设。支持国家级肉牛核心育种场建设，提高核心育种群质量，补贴资金用于核心育种群选育提高。申报项目单位必须取得省级以上《种畜禽生产经营许可证》且通过国家评审的国家级肉牛核心育种场。申请补助资金不超过50万元。
支持西部肉羊饲养集中区开展肉用新品系的培育进度，提高养殖效益。申报项目单位必须是取得省级以上《种畜禽生产经营许可证》和国家级《畜禽养殖标准化示范场》的种羊场，具有品种培育的前期基础，以省级以上科研单位为技术依托，成立职责明确的专家组，具有科学详细的育种计划、技术路线和阶段性目标，有与项目建设相配套的资金。申请补助资金不超过50万元。
1.祖代肉种鸡引进补贴。支持祖代肉种鸡场从国外引进祖代肉种鸡，增加供种能力，补贴资金用于祖代肉种鸡引种补贴。申报项目的单位必须是取得省级以上《种畜禽生产经营许可证》的祖代肉种鸡场，存栏从国外引进的祖代肉种鸡1万套以上。
2.品种培育。依托吉林省农业科学研究院开展吉林芦花鸡选育提高，扩大核心群数量，达到畜禽品种审定的要求。申报项目单位必须成立职责明确的专家组，具有科学详细的育种计划、技术路线和阶段性目标，有与项目建设相配套的资金。申请补助资金不超过50万元。
加快肉兔原种场建设，支持从国外引进优质原种兔，提高供种能力，满足全省肉兔产业快速发展的需求。申报项目的单位必须是取得省级以上《种畜禽生产经营许可证》的祖代种兔场，现有从国外引进的祖代种兔3000只以上。
支持适合我省发展的高产优质品种、品系的培育，增强供种能力，提高产蜜性能，促进蜂产业健康发展。申报项目单位必须是取得省级以上《种畜禽生产经营许可证》的科研单位，科研力量雄厚，成立职责明确的专家组，具有科学详细的育种计划、技术路线和阶段性目标，有与项目建设相配套的资金。申请补助资金不超过50万元。
按照农业部《关于加强种畜禽生产经营管理的意见》要求，重点开展种畜精液质量检测和后裔测定工作，建立健全种畜禽系谱档案。
（一）引种补贴项目。从国外引进原种猪、祖代肉种鸡和祖代肉种兔项目，采取先引进、后补贴的方式，由项目申报单位向省里提出申请备案，年底前完成引种工作，省里根据申报单位提供的合同（包括与国外供种公司的合同和与代理公司的合同）、出入境检疫证明、入境报关单等凭证，经审核后，省级财政给予补贴。原则上，原种猪引进按照实际引种资金的50%给予补贴，每个原种场补贴额度最多不超过150万元；祖代肉种鸡引进按照实际引种资金的25%给予补贴，每个祖代肉种鸡场补贴额度最多不超过50万元；祖代肉种兔引进按照实际引进资金的50%给予补贴，每个祖代肉种兔场补贴额度最多不超过100万元。12月底之前完成引种的，当年给予补贴，12月底之后完成引种的，结转下一年度给予补贴。
（二）品种培育项目。品种培育项目由省畜牧业管理局和省财政厅组织专家评审，明确技术路线、资金用途、阶段目标和完成期限，项目单位按照评审后确定的内容组织实施，由省畜牧业管理局组织项目中期和终期验收。
（三）生猪遗传改良计划项目。按照《吉林省生猪遗传改良计划实施方案》，由省畜牧业管理局组织开展性能测定、遗传评估和遗传物质交流等各项工作。
（四）优质肉牛冻精补贴项目。优质肉牛冻精补贴项目由省畜牧业管理局和省财政厅根据各县、市基础母牛数量和遗传改良进程情况确定项目补贴县和补贴数量。由省畜牧业管理局成立由规划财务、纪检参加的肉牛冻精采购领导小组，由省畜牧总站具体负责组织肉牛冻精采购和项目运行的督导检查，由项目县畜牧部门组织冻精的发放，建立健全各项档案以备查验，并将项目实施情况按季度报送省畜牧总站。
（五）畜牧繁改设备更新项目。液氮灌由省畜牧业管理局成立由规划财务、纪检参加的采购领导小组进行采购，省畜牧总站对液氮灌实行统一发放。
（六）种公牛后裔测定项目。省畜牧业管理局和省财政厅组织专家评审，明确测定方案、资金用途、阶段目标和完成期限，项目单位按照评审后确定的内容组织实施，由省畜牧业管理局组织项目验收。
（七）肉牛核心育种场建设项目。省畜牧业管理局和省财政厅组织专家评审大摩-大摩注册-「官方认证平台」，明确选育方案、资金用途、阶段目标和完成期限，项目单位按照评审后确定的内容组织实施，由省畜牧业管理局组织项目验收。
（八）种畜禽检测项目。种畜禽监管和检测项目由省畜牧业管理局制定项目实施方案，按照方案规定的内容，重点开展种猪质量检测、肉牛和肉羊后裔测定、肉牛和种公猪精液质量检测，确保全省畜禽良种繁育体系建设顺利进行。
1.畜禽品种引进项目。原种猪、祖代肉种鸡、祖代肉种兔引进项目，由项目所在地畜牧业管理局、财政局进行初审，以正式文件联合上报省畜牧业管理局和省财政厅，申报材料包括畜禽品种引进项目申报书、《种畜禽生产经营许可证》、《动物防疫条件合格证》、工商营业执照复印件。
2.现代化种猪场建设项目。由项目所在地畜牧业管理局、财政局进行初审，以正式文件联合上报省畜牧业管理局和省财政厅，申报材料包括现代化种猪建设项目申报书、种猪引进证明（引种证明或产地检疫证明）、工商营业执照、土地使用证（或合同、协议）、自动给料和自动通风设施购买发票等复印件。
3.生猪扩繁场建设项目。由项目所畜牧业管理局、财政局进行初审，以正式文件联合上报省畜牧业管理局和省财政厅，申报材料包括生猪扩繁场项目申报书、《种畜禽生产经营许可证》、《动物防疫条件合格证》、工商营业执照、土地使用证（或合同、协议）、自动给料和自动通风设施购买发票等复印件。2012年以来已扶持过的单位不再扶持。
4.畜禽品种培育项目，由项目所在地畜牧业管理局和财政局进行初审，以正式文件联合上报省畜牧业管理局和省财政厅；省直科研单位、大专院校申报品种培育与扩繁项目，由各项目单位以正式文件向省畜牧业管理局和省财政厅申报。申报材料包括畜禽品种培育项目申报书、项目实施方案（按照可行性报告模式）、经费预算、《种畜禽生产经营许可证》复印件等相关材料，省里支持的培育项目还需提交项目总结报告。各项目单位单一品种培育项目只能申报1个。
5. 种公牛后裔测定项目。由项目所在地畜牧业管理局、财政局进行初审，以正式文件联合上报省畜牧业管理局和省财政厅，申报材料包括种公牛后裔测定项目申报书、农业部颁发的《种畜禽生产经营许可证》复印件、项目实施方案（按照可行性报告模式）以及《种畜禽生产经营许可证》、《动物防疫条件合格证》、工商营业执照复印件。
6.肉牛核心育种场建设项目。由项目所在地畜牧业管理局、财政局进行初审，以正式文件联合上报省畜牧业管理局和省财政厅，申报材料包括肉牛核心育种场建设项目申报书、国家级肉牛核心育种场认定文件、项目实施方案（按照可行性报告模式）以及《种畜禽生产经营许可证》、《动物防疫条件合格证》、工商营业执照复印件。